三、基改作物的污染風波
除了越來越多的健康風險報告外，基因改造作物種植了十多年，也發生了不少糾紛，最嚴重的是基改污染。農作物很容易透過花粉與種子進行傳播，一旦允許種植基改品種，難保不會混雜到一般非基改品種。墨西哥是玉米的原鄉，農民仍然繼續種植各式各樣的地方品種。雖然在2000年該國政府並未允許基改玉米的種植，不過仍然進口美國基改玉米作為飼料，可能因農民不知曉的情況下種植這些飼料用玉米，而導致原生種玉米遭受基改污染，因而帶有外來的基因。
美國就曾發生多起事件，包括飼料用基改玉米Starlink混到食用玉米，污染面積大到基改公司要賠償農民約5億美元的損失。未經核准的基改玉米Bt10在2004年誤賣給農民種植，導致產品外銷到歐日等國被退回，廠商遭罰1500萬美元。在2006年又爆發未經核准基改稻米LLRICE 601污染到出口的稻米，引起歐日與南美諸國的禁止進口；拜耳作物科學公司需償付稻農總計7億5千萬美元損失。
中國早已研發出基改稻米，但該政府仍遲遲不敢核准商業生產。然而自2004年研發者就已偷偷賣基改稻Bt63的種子給農民違法種植。事件爆發後引起歐洲的禁運，以及爾後的隨批檢驗。抗除草劑基改亞麻品種在加拿大雖然不得種植，但是終究還是污染到一般品種，也導致歐洲的禁止加拿大亞麻仁籽產品的進口。泰國政府未核准基改木瓜種植之前，種苗就被研發者賣給農民，事件爆發後泰國木瓜產品受到歐洲的抵制，損失慘重。
我國基改木瓜至今也尚未核准上市，但民間早在2003年就偷種，幸好當時農委會立刻採取有效管制，維持我國木瓜的信譽。不過一旦流落民間，政府仍需經常監控，否則終究還是會造成不可收拾的大面積污染；中國目前市售木瓜據查已約有九成都是基改者，就是明証。
除了一般品種被污染外，基改作物的種植也產生很多環境的後遺症。由於種基改作物，年年春除草劑過度使用，美國許多農業州已經出現年年春噴不死的超級雜草，讓基改品種逐漸無法再種，因此現在基改企業準備推出能夠忍受2,4-D除草劑的第二代基改作物。2,4-D是越戰所用橙劑的成分，將來真的種下去，後果不堪設想。同樣在美國也已發現基改作物導致超級害蟲，甚至於前所未見的病菌出現。中國種了抗蟲棉花，雖然頭號害蟲被控制下來，過了幾年，基改棉花殺不死的第二號、第三號害蟲就成為棉花的主要害蟲，棉農還是要噴農藥；更慘的是次要害蟲可是其他作物的主要害蟲，這些害蟲擴散到棉花田以外，威脅到其他作物，整個華北反而使用更多的殺蟲劑，造成更大的環境污染。
